税务机关是主管我国税收征收管理工作的部门。1994年，为了进一步理顺中央与地方的财政分配关系，更好地发挥国家财政的职能作用，增强中央的宏观调控能力，促进社会主义市场经济体制的建立和国民经济持续、快速、健康的发展，我国开始实行分税制财政管理体制。同时，为了适应分税制财政管理体制的需要，我国对税收管理机构也进行了相应的配套改革。中央政府设立国家税务总局，是国务院主管税收工作的直属机构。省及省以下税务机构分设为国家税务局和地方税务局两个系统。
国家税务局系统的机构设置为四级，即：国家税务总局，省（自治区、直辖市）国家税务局，地（市、州、盟）国家税务局，县（市、旗）国家税务局。国家税务局系统实行国家税务总局垂直管理的领导体制，在机构、编制、经费、领导干部职务的审批等方面按照下管一级的原则，实行垂直管理。地方税务局按行政区划设置，分为三级，即省（自治区、直辖市）地方税务局，地（市、州、盟）地方税务局，县（市、旗）地方税务局。地方税务局系统的管理体制、机构设置、人员编制按地方人民政府组织法的规定办理。省（自治区、直辖市）地方税务局实行省（自治区、直辖市）人民政府和国家税务总局双重领导，以地方政府领导为主的管理体制。国家税务总局对省（自治区、直辖市）地方税务局的领导，主要体现在税收政策、业务的指导和协调以及对国家统一的税收制度、政策的组织实施和监督检查等方面。省（自治区、直辖市）以下地方税务局实行上级税务机关和同级政府双重领导、以上级税务机关垂直领导为主的管理体制，即地（市、州、盟）以及县（市、旗）地方税务局的机构设置、干部管理、人员编制和经费开支由所在省（自治区、直辖市）地方税务机构垂直管理。
国家（地方）税务局系统依法设置，对外称谓统一为国家（地方）税务局、税务分局、税务所和国家（地方）税务局稽查局，按照行政级次、行政（经济）区划或隶属关系命名税务机关名称并明确其职责。各级税务局为全职能局，按照省（自治区、直辖市），副省级城市，地区（市、盟、州）以及直辖市的区、副省级市的区，县（旗），县级市、地级市城区的行政区划设置，地级以上城市的区也可按经济区划设置。税务分局、税务所为非全职能局（所），是上级税务机关的派出机构。可按行政区划设置，也可按经济区划设置。较大县的城区、管辖五个以上乡镇（街道）可设置税务分局。管辖四个以下乡镇（街道）的机构称税务所。各级税务局稽查局是各级税务局依法对外设置的直属机构。地级市的城区如有需要，可以设置稽查局，城区稽查局视不同情况既可按行政区划设置，也可跨区设置，由所属区税务局管理，业务上接受上级税务局稽查局的指导。
截至2007年底，全国省以下国家税务局系统共有31个省（自治区、直辖市）局、15个副省级城市局、336个地（市、州、盟）局、81个直辖市区局、152个副省级城市区局、840个地（市、州、盟）区局和2054个县（市、旗）局，另外设置有2898个稽查局、直属分局等直属机构，10507个税务分局、税务所等派出机构，4153个信息中心、机关服务中心等事业单位。地方税务局系统共有30个省（自治区、直辖市）局、15个副省级城市局、317个地（市、州、盟）局、71个直辖市区局、106个副省级城市区局、571个地（市、州、盟）区局和1949个县（市、旗）局，另设置有4977个稽查局、直属分局等直属机构，18178个税务分局、税务所等派出机构，2132个信息中心、机关服务中心等事业单位。