1、 有的代理记账公司一开始是没有跟委托方签订正式的委托代理合同，这样子就对双方之间的权利与义务缺少了明确的规定，所以在实际工作中遇到异议时，往往无法分清责任的。因此在选择代理记账公司的时候，企业就要更加谨慎。

 2、有些“代理记账公司”并没有代理记账的资质(市财政局批准的代理记账许可证、会计上岗证等)，这样的话发生问题就回避责任，损害委托方的利益。这也是企业在选择代理记账公司时必须要注意的事项。

 3、 财务软件需要到财政局备案方可使用，有的代理记账单位没有采用财政部批准的财务软件来替代手工记账。

 4、 会计资料交接麻烦、不够规范。有些代理记账公司的专员是没有什么经验的，在做这方面工作的时候老是缺这缺那，办理不但慢，还有可能记错。所以代理记账的会计资历也是很重要的。代理记账单位在接受委托单位的会计原始凭证及资料时，没有办理交接手续，发现遗失或毁损时无法查找。

 5、代理记账单位通常是定期或定时上门服务，日常业务可通过电话沟通，会计不是随时在单位办理和咨询业务。

 6、是否合理收费，判断收费的合理性不能仅考虑金额的高低，而要综合考虑上述5个因素而进行全面的比较才能找到性价比高并适合自己的代理记账公司。